Phenylpropanoid related regulatory protein-regulatory region associations

Abstract

Materials and methods for identifying lignin regulatory region-regulatory protein associations are disclosed. Materials and methods for modulating lignin accumulation are also disclosed.

1 .- 3 . (canceled) 
     
     
         4 . A plant cell comprising an exogenous nucleic acid, said exogenous nucleic acid comprising a regulatory region operably linked to a nucleotide sequence encoding a polypeptide, wherein the HMM bit score of the amino acid sequence of said polypeptide is greater than about 20, said HMM based on the amino acid sequences depicted in one of  FIG. 1-51  or  53 - 131 , and wherein a tissue of a plant produced from the plant cell has a difference in lignin content as compared to the corresponding lignin content in tissue of a control plant that does not comprise the nucleic acid. 
     
     
         5 . A plant cell comprising an exogenous nucleic acid, said exogenous nucleic acid comprising a regulatory region operably linked to a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80% or greater sequence identity to a polypeptide sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:96, SEQ ID NOs:98-100, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NOs:110-112, SEQ ID NOs:114-117, SEQ ID NOs:119-122, SEQ ID NO:124, SEQ ID NOs:126-128, SEQ ID NOs:130-132, SEQ ID NOs:134-137, SEQ ID NO:139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:143, SEQ ID NOs:145-147, SEQ ID NO:149, SEQ ID NOs:151-155, SEQ ID NO:157, SEQ ID NO:159, SEQ ID NO:161, SEQ ID NO:163, SEQ ID NOs:165-168, SEQ ID NO:170, SEQ ID NOs:172-176, SEQ ID NOs:178-194, SEQ ID NO:196, SEQ ID NOs:198-215, SEQ ID NO:217, SEQ ID NO:219, SEQ ID NOs:221-251, SEQ ID NO:253, SEQ ID NOs:255-256, SEQ ID NO:258, SEQ ID NO:260, SEQ ID NOs:262-265, SEQ ID NO:267, SEQ ID NOs:269-270, SEQ ID NOs:272-273, SEQ ID NOs:275-277, SEQ ID 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content in tissue of a control plant that does not comprise the nucleic acid. 
     
     
         6 . A plant cell comprising an exogenous nucleic acid said exogenous nucleic acid comprising a regulatory region operably linked to a nucleotide sequence having 95 percent or greater sequence identity to a nucleotide sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:95, SEQ ID NO:97, SEQ ID NO:101, SEQ ID NO:103, SEQ ID NO:105, SEQ ID NO:107, SEQ ID NO:109, SEQ ID NO:113, SEQ ID NO:118, SEQ ID NO:123, SEQ ID NO:125, SEQ ID NO:129, SEQ ID NO:133, SEQ ID NO:138, SEQ ID NO:140, SEQ ID NO:142, SEQ ID NO:144, SEQ ID NO:148, SEQ ID NO:150, SEQ ID NO:156, SEQ ID NO:158, SEQ ID NO:160, SEQ ID NO:162, SEQ ID NO:164, SEQ ID NO:169, SEQ ID NO:171, SEQ ID NO:177, SEQ ID NO:195, SEQ ID NO:197, SEQ ID NO:216, SEQ ID NO:218, SEQ ID NO:220, SEQ ID NO:252, SEQ ID NO:254, SEQ ID NO:257, SEQ ID NO:259, SEQ ID NO:261, SEQ ID NO:266, SEQ ID NO:268, SEQ ID NO:271, SEQ ID NO:274, SEQ ID NO:278, SEQ ID NO:281, SEQ ID NO:283, SEQ ID NO:285, SEQ ID NO:288, SEQ ID NO:291, SEQ ID NO:293, SEQ ID NO:299, SEQ ID 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SEQ ID NO:2245, SEQ ID NO:2247, SEQ ID NO:2249, SEQ ID NO:2251, SEQ ID NO:2253, SEQ ID NO:2255, SEQ ID NO:2257, SEQ ID NO:2259, SEQ ID NO:2261, SEQ ID NO:2263, SEQ ID NO:2265, SEQ ID NO:2267, SEQ ID NO:2269, SEQ ID NO:2271, SEQ ID NO:2273, SEQ ID NO:2275, SEQ ID NO:2277, SEQ ID NO:2279, SEQ ID NO:2281, SEQ ID NO:2283, SEQ ID NO:2285, SEQ ID NO:2287, SEQ ID NO:2289, SEQ ID NO:2291, SEQ ID NO:2293, SEQ ID NO:2295, SEQ ID NO:2297, SEQ ID NO:2299, SEQ ID NO:2301, SEQ ID NO:2303, SEQ ID NO:2305, SEQ ID NO:2307, SEQ ID NO:2309, SEQ ID NO:2311, SEQ ID NO:2313, SEQ ID NO:2315, SEQ ID NO:2317, SEQ ID NO:2319, SEQ ID NO:2321, SEQ ID NO:2323, SEQ ID NO:2325, SEQ ID NO:2327, SEQ ID NO:2329, SEQ ID NO:2331, SEQ ID NO:2333, SEQ ID NO:2335, SEQ ID NO:2337, SEQ ID NO:2339, SEQ ID NO:2341, SEQ ID NO:2343, SEQ ID NO:2345, SEQ ID NO:2347, and SEQ ID NO:2349-2690, or a fragment thereof, wherein a tissue of a plant produced from the plant cell has a difference in lignin content as compared to the corresponding lignin content in tissue of a control plant that does not comprise the nucleic acid. 
     
     
         7 . The plant cell of  claim 5 , wherein said regulatory region is involved in lignin or cellulose biosynthesis. 
     
     
         8 . The plant cell of  claim 7 , wherein said regulatory region is selected from the group consisting of SEQ ID NOs:1909-1918. 
     
     
         9 . The plant cell of  claim 5 , wherein said regulatory region is not associated with said polypeptide. 
     
     
         10 . The plant cell of  claim 5 , wherein said regulatory region is a promoter. 
     
     
         11 . The plant cell of  claim 10 , wherein said promoter is a tissue-preferential promoter. 
     
     
         12 . (canceled) 
     
     
         13 . The plant cell of  claim 10 , wherein said promoter is a cell type-preferential promoter. 
     
     
         14 . (canceled) 
     
     
         15 . The plant cell of  claim 10 , wherein said promoter is an inducible promoter. 
     
     
         16 . The plant cell of  claim 5 , wherein said plant cell is capable of producing one or more lignin monomers. 
     
     
         17 . The plant cell of  claim 5 , wherein said polypeptide modulates expression of an endogenous gene involved in lignin biosynthesis in said cell. 
     
     
         18 .- 19 . (canceled) 
     
     
         20 . The plant cell of  claim 17 , wherein said modulation is an increase in expression of said endogenous gene. 
     
     
         21 . The plant cell of  claim 5 , wherein said plant cell further comprises a sequence of interest operably linked to a regulatory region associated with said polypeptide. 
     
     
         22 . (canceled) 
     
     
         23 . The plant cell of  claim 16 , wherein said plant is from a genus selected from the group consisting of  Acer, Aesculus, Afzelia, Agrostis, Alnus, Avena, Cannabis, Carya, Cinnamomum, Coffea, Eucalyptus, Festuca, Fraxinus, Hordeum, Juglans, Lolium, Medicago, Milium, Miscanthus, Panicum, Pinus, Poa, Populus, Prunus, Quercus, Saccharum, Simarouba, Sorghum, Trifolium, Triticum, Vitis , and  Zea.    
     
     
         24 . The plant cell of  claim 22 , wherein said plant is a species selected from  Miscanthus  hybrid ( Miscanthus×giganteus ),  Miscanthus sinensis, Miscanthus sacchariflorus, Panicum virgatum , and  Populus trichocarpa.    
     
     
         25 .- 26 . (canceled) 
     
     
         27 . The plant cell of  claim 21 , wherein expression of said sequence of interest inhibits expression of an endogenous gene involved in lignin biosynthesis. 
     
     
         28 . (canceled) 
     
     
         29 . The plant cell of  claim 27 , wherein said sequence of interest is transcribed into an interfering RNA. 
     
     
         30 .- 32 . (canceled) 
     
     
         33 . The plant cell of  claim 27 , wherein said plant cell is from a genus selected from the group consisting of  Acer, Aesculus, Afzelia, Agrostis, Alnus, Avena, Cannabis, Carya, Cinnamomum, Coffea, Eucalyptus, Festuca, Fraxinus, Hordeum, Juglans, Lolium, Medicago, Milium, Miscanthus, Panicum, Pinus, Poa, Populus, Prunus, Quercus, Saccharum, Simarouba, Sorghum, Trifolium, Triticum, Vitis , and  Zea.    
     
     
         34 .- 37 . (canceled) 
     
     
         38 . The plant cell of  claim 21 , wherein said polypeptide-regulatory region association is effective for increasing lignin biosynthesis in said cell. 
     
     
         39 . The plant cell of  claim 21 , wherein said regulatory protein-regulatory region association is effective for decreasing lignin biosynthesis in said cell. 
     
     
         40 .- 65 . (canceled)